La flambée de l'épidémie de Covid-19 en Inde inquiète le monde et les scientifiques. Selon les autorités sanitaires indiennes, il est encore trop tôt pour savoir si cela est dû à l’apparition en Inde d’un nouveau variant. Qu’est ce que le variant indien ?
Le 10 mai 2021, l'Organisation Mondiale pour la Santé a classé le variant indien dans la catégorie des variants "préoccupants".
"Il y a des informations selon lesquelles le B.1.617 est plus contagieux" et "par conséquent nous le classons en variant préoccupant au niveau mondial", a déclaré la docteur Maria Van Kerkhove, responsable technique de la lutte contre la Covid-19 au sein de l'OMS. Toutefois, beaucoup de recherches restent à mener sur ce variant, a indiqué la scientifique, notamment par le biais d'un séquençage accru, "pour savoir quelle quantité de ce virus circule".
Les données de séquençage du génome du Sars-CoV-2 ont mis en évidence la présence d’une double mutation dans 61% des échantillons du Maharashtra. Mais, selon les spécialistes, il faudra attendre de disposer de davantage de données pour savoir si ce nouveau variant est à l'origine de l'épidémie actuelle en Inde.
Lors d'une réunion avec les laboratoires de district du Maharashtra mi-avril, l'Institut national de virologie (NIV) a partagé des données limitées montrant une répartition de 361 échantillons séquencés par génome, collectés entre janvier et mars de cette année.
La principale conclusion de cette analyse : la présence d'une double mutation a été détectée dans 220 échantillons, soit près de 61 %. Ce double variant a été classé la semaine dernière comme le variant "B.1.617".
Qu'est-ce que le variant B.1.617 ?
Le variant B.1.617 du Sars-CoV-2 porte deux mutations, E484Q et L452R. Ces deux mutations sont présentes séparément dans de nombreux autres variants de coronavirus, mais elles ont été signalées ensemble pour la première fois en Inde.
Les deux mutations se trouvent dans la protéine “spike” du virus. La protéine spike aide le virus à se lier aux récepteurs de la cellule humaine et à pénétrer dans la cellule hôte.
La mutation E484Q est similaire à E484K, une mutation présente dans les variantes du coronavirus au Royaume-Uni (lignée B.1.1.7) et en Afrique du Sud (B.1.351).
La mutation L452R a été trouvée dans des variants à propagation rapide en Californie (B.1.427 et B.1.429). Elle peut augmenter le pouvoir de liaison des protéines de pointe avec les récepteurs ACE2 des cellules humaines, ce qui le rend plus transmissible. L452R peut aussi potentiellement augmenter la réplication virale.
Ensemble, E484Q et L452R sont plus infectieux et peuvent échapper aux anticorps.
Où a-t-on détecté le variant indien ?
Les données sont limitées. Il a été signalé pour la première fois dans le Maharashtra.
Dans cet Etat, en janvier 2021, 19 échantillons provenant de divers districts ont été séquencés et le B.1.617 a été trouvé dans 4 d'entre eux. En février 2021, 234 échantillons ont été séquencés dans 18 districts, et 151 échantillons - provenant d'au moins 16 districts - présentaient cette variante. En mars 2021, pas moins de 65 échantillons sur 94 présentaient cette variante.
En avril 2021, le B.1.617 a été détecté principalement au Maharashtra et au Bengale occidental et dans d’autres Etats.
D’autre part, un autre variant a été détecté au Bengale occidental, le B.1.618. Il présente une mutation majeure appelée E484K dont on a parlé dans le paragraphe précédent. Le B.1.618 a été isolé pour la première fois le 25 octobre 2020 et plus récemment le 17 mars 2021. Les variants qui portent certaines des mutations associées au B.1.618 ont également été trouvées aux États-Unis, en Suisse, à Singapour et en Finlande. Dans le cas de B.1.618, il existe quatre mutations caractéristiques de la protéine spike associées à une infectivité accrue et à un échappement immunitaire.
"La proportion de B.1.618 a augmenté de manière significative ces derniers mois au Bengale occidental", a déclaré sur Twitter Vinod Scaria, qui effectue des recherches sur les mutations du génome au CSIR-Institute of Genomics and Integrative Biology (IGIB). "Avec B.1.617, il constitue une lignée majeure au Bengale occidental".
M. Scaria a déclaré qu'il n'y avait pas de preuve "concluante" que la lignée soit à l'origine de l'épidémie au Bengale occidental, si ce n'est que les chiffres et les proportions sont en augmentation.
Ce variant indien est-il plus virulent ?
Il n'y a pas de preuve à ce jour.
La plupart des patients peuvent se contenter d'un isolement à domicile, bien que l'expérience clinique doive être associée aux données de séquençage du génome pour générer des preuves scientifiques. Les anecdotes cliniques des médecins suggèrent que le variant se propage plus rapidement, qu'il est plus infectieux (?), qu'il peut infecter des familles entières, mais qu'il est moins virulent et n'entraîne pas une augmentation spectaculaire des hospitalisations.
"La plupart des patients sont asymptomatiques et c'est une bonne indication. Mais en chiffres absolus, un si grand nombre de cas a fait peser une charge sur les infrastructures de santé", a déclaré le Dr Shashank Joshi, un expert de la Maharashtra Covid Task Force.
Quelle est l'ampleur de la propagation en Inde ?
Le Dr Sujeet Singh, directeur du Centre national de contrôle des maladies (NCDC), a souligné que très peu d'échantillons du Maharashtra ont été séquencés jusqu'à présent et qu'il est trop tôt pour tirer des conclusions définitives sur l'étendue du double mutant. Toutefois, le gouvernement national avait signalé en mars que 15 à 20 % des échantillons du Maharashtra présentaient ce variant ; sur la base des dernières données de séquençage, ce chiffre est désormais supérieur à 60 %.
Les cliniciens et les administrateurs de district du Maharashtra signalent que, contrairement à la première vague, des familles entières sont infectées lors de la deuxième vague. Cela pourrait indiquer soit que les mesures de distanciation physique et d'isolement sont inadéquates dans les foyers, soit que le virus est devenu plus transmissible.
Est-il détecté ailleurs dans le monde ?
Au 22 avril 2021, 686 séquences de B.1.617 ont été détectées dans 17 pays dans le monde et en particulier au Royaume Uni, aux Etats-Unis en Californie et dans 14 autres États, en Australie et en Nouvelle-Zélande, à Singapour, en Allemagne, en Belgique, en Suisse, en Italie et en Espagne mais pas encore en France (données outbreak.info).
Le B.1.617 pourrait-il être à l'origine de la recrudescence des cas de Covid-19 ?
Le Dr Gangandeep Kang, professeur de microbiologie au Christian Medical College de Vellore, a déclaré que 60,9 % des échantillons porteurs de ce variant montraient "très probablement" un lien entre la mutation et la recrudescence des cas.
Toutefois, pour obtenir une réponse précise, il faut séquencer au moins 1 % des échantillons de Sars-Cov-2 chaque semaine. Comme l'Inde teste actuellement plus d'un million de personnes par jour, cela signifie être en mesure d’effectuer environ 1 000 séquences génomiques par jour. Or, le Consortium indien de génomique appliquée au SARS-CoV-2 (INSACOG) a déclaré mi-avril qu’en un peu plus de trois mois, il n’a reçu pour séquençage que 13 614 échantillons.
"Nous devons également examiner le nombre de personnes qu'une personne est capable de contaminer, ainsi que le seuil du cycle RT-PCR. Nous devons effectuer un suivi en direct. Les données de janvier ont peu de valeur en avril", a déclaré le Dr Kang.
Le Dr Gautam Menon, professeur à l'Université Ashoka de Sonepat et à l'Institut des sciences mathématiques de Chennai, a déclaré : "Ce que nous avons est suggestif mais nous avons besoin de plus de données de séquençage du génome pour comprendre quel variant est à l'origine du nombre de nouvelles infections dans les différents États... Pour suggérer que l'augmentation des cas est due à ce variant doublement mutant, nous devrions avoir plus de points dans le temps. Par exemple, si nous pouvions dire que nous avons détecté 30 % de ce variant dans des échantillons le 30 mars, puis 40 % dans des échantillons le 14 avril, cela indiquerait que le nouveau variant domine la propagation de la maladie."
Le Dr Menon a lui aussi souligné la nécessité d'une plus grande transparence des données. "Il est possible, bien que de plus en plus improbable, que les cas soient également liés à la souche précédente", a-t-il déclaré. "Tant que nous ne saurons pas dans quelle mesure l'augmentation peut être attribuée au nouveau variant, nous ne pourrons pas déterminer de manière concluante si les assouplissements du comportement approprié au Covid-19 avec l'ancienne souche ont conduit à ces augmentations ou si l'infectivité accrue du nouveau variant en est responsable."
Le professeur Vinod Scaria, chercheur principal au CSIR-IGIB, est d'accord pour dire que "nous ne pouvons pas affirmer de manière concluante que ces variants sont à l'origine de l'augmentation de la deuxième vague". Cependant, les preuves suggèrent qu'au moins dans certains États, la lignée B.1.1617 est prédominante et pourrait contribuer à l'augmentation des cas, a-t-il déclaré. "Cette lignée est définie par 15 variants génétiques, dont six variants de la protéine spike. Deux d'entre eux (E484Q et L452R) sont impliqués dans l'échappement immunitaire ainsi que dans l'augmentation de l'infectivité", a déclaré le professeur Scaria.
Le variant peut-il échapper aux vaccins ?
Là encore, les données sont limitées. Certaines personnes ont en effet été infectées après la première dose, mais il n'existe aucune donnée permettant de savoir si leurs échantillons ont été envoyés pour le séquençage du génome.
"Nous savons que le variant sud-africain est plus capable d'échapper à la réponse immunitaire. Nous savons que le variant britannique est plus transmissible. Mais, nous ne savons rien du variant B.1.617 jusqu'à présent, car nous ne rassemblons pas de données pour tirer des conclusions.", a déclaré le Dr Kang.
Le Dr Menon a souligné que si les vaccins ne sont pas conçus pour empêcher l’infection par le virus, ils permettent certainement d'éviter les maladies graves et la mort. "Nous pensons que cela restera vrai même avec le nouveau variant. La seule solution à moyen et long terme pour faire face à l'épidémie de Covid-19 est que les gens se fassent vacciner."
Dans cet objectif, le gouvernement national a récemment décidé d'ouvrir la vaccination à toutes les personnes âgées de plus de 18 ans (lire Covid-19 Inde : tous les adultes éligibles à la vaccination au 1er mai).
Covid-19 en Inde : La deuxième vague est un tsunami
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